含义不同。

会同指的是人们的聚集和联合，共同进行某项活动或达成共识。可以指参加会议的人员，也可以表示接连而来的行动或事件。而配合则指两个或两个以上事物之间的关系或协作，包括孔轴公差带之间的配合关系、男女婚配和化学中的配合物等。