查理九世在位时，法国爆发了宗教战争。查理九世站在天主教徒的立场上反对胡格诺派。1570年胡格诺派取得暂时优势，随后查理九世同意与他们和解，并同胡格诺派的政治领袖海军上将科利尼修好。但是他终于在1572年接受母亲的怂恿，允许吉斯公爵亨利策划了1572年8月24日的圣巴托洛缪之夜大屠杀。