我认为二者的区别有：

1、功能：南京南站为高铁站，只停高铁动车；南京站为普高混合型火车站，主要停普速车，也兼顾高铁动车。

2、线路：南京南站包括仙宁铁路、宁溶铁路、京沪高速铁路等；南京站包括宁西铁路、京沪铁路、沪宁城际铁路等。

3、位置：南京南站位于雨花台区玉兰路98号；南京站位于玄武区龙蟠路111号。