衣藻是真核生物，蓝细菌是原核生物，在显微镜下衣藻细胞与蓝细菌细胞最主要的区别就是衣藻细胞有以核膜为界限的细胞核，蓝细菌细胞无以核膜为界限的细胞核，蓝细菌细胞只有拟核，并且蓝细菌细胞只有核糖体一种细胞器，衣藻细胞还有叶绿体、线粒体、内质网等其它细胞器。