灵活就业登记证明办理方法如下：

1、准备资料：身份证原件及复印件、户口本原件及复印件、最近3个月的社保缴费证明原件及复印件、最近3个月的个人所得税缴纳证明原件及复印件、近3个月的银行流水账单原件及复印件。

2、前往劳动局申请：在申请时，需要填写《灵活就业证明申请表》并提交相关资料。

3、等待审核：提交资料后，等待劳动局的审核，审核通过后即可领取灵活就业证明。