指挥三大战役的统帅部，中共方面是在河北西柏坡的中央军委主席毛泽东，副主席兼总司令朱德，副主席兼总参谋长周恩来)，国民党方面是在南京的国防部(部长何应钦)和参谋本部(总长顾祝同)，由于解放战争时期取消了抗战时期的国民政府军委会，蒋介石以总统名义亲自指挥国防部和参谋本部，甚至多次乘机到东北、华北前线指挥，但没有到淮海前线指挥。国民政府在前线指挥的将领是:东北剿总总司令卫立煌、徐州剿总总司令刘峙、华北剿总总司令傅作义，另外杜聿明作为前敌总指挥负责了东北国军的撤退和徐州战场的现地指挥(刘峙的指挥部撤退到蚌埠)。

东北野战军林彪、罗荣桓负责辽沈战役，东北军区提供支援;

华东野战军饶漱石，陈毅、粟裕、谭震林和中原野战军刘伯承、邓小平负责淮海战役，华东、中原军区提供支援;

东北野战军林彪、罗荣桓和华北野战军聂荣臻负责平津战役，华北军区和东北军区提供支援。各军区系统主要提供的是军区地方武装和后勤支援。