建筑工程学院是南京工程学院二级学院之一，其前身可追溯到南京工业学校电气学科部2000年筹建的房屋建筑工程专业（专科）；2001年3月南京工业学校并入南京工程学院，电气学科部被合并组建为机电工程一系；2001年9月依托机电工程一系招生首届房屋建筑工程专科生，2002年9月在机电工程一系设立建筑工程教研室；2003年6月建筑工程教研室从机电工程一系独立出来，成立建筑工程系，并于同年9月招生第一届土木工程专业本科生。建筑工程系经4年发展，于2007年1月更名为建筑工程学院，同年停止专科招生。

学院现设有3个系：建筑工程系、建筑系、市政工程系，2个实验中心：土木工程实验中心和建筑技术实验中心，5个校级研究所：结构工程研究所、岩土工程研究所、新型多功能土木工程材料研究所、智慧建造研究所、建筑遗产保护研究所。目前有4个本科专业：土木工程（江苏省一流本科专业建设点，中芬联合办学专业）、建筑学（五年制）、城市地下空间工程、智能建造，其中土木工程专业是建筑工程学院办学最早，招生规模最大的专业，该专业下设置了建筑工程、交通土建、建造与管理三个专业模块。学院以培养能胜任土木工程相关领域的设计、施工、生产经营管理等工作，解决复杂工程应用问题的高水平应用型人才为宗旨。现有全日制在校本科生1737人。