以下是云南省农业厅直属的一些重要机构：

云南省农业职业技术学院

云南省原种猪场

云南省农村经济经营管理站

云南省种羊场

云南省农业技术推广总站

云南省种鸡场

云南省种子管理站

云南省祖代肉种鸡场

云南省植保植检站

云南省水产技术推广站

云南省土壤肥料工作站

云南省渔业科学研究院

云南省农业环境保护监测站

云南省渔业行政执法总队

云南省农业信息中心

云南省农机推广站

云南省农产品质量安全中心

云南省农机鉴定站

云南省农业广播学校

云南省农机安全监理站

云南省动物疫病预防控制中心

云南省农机化干部学校

云南省动物卫生监督所

云南省乡镇企业生产力促进中心

云南省草山饲料工作站

云南省乡镇企业培训学校

云南省家畜改良工作站

云南省乡镇企业会计辅导站

云南省畜牧兽医科学院

云南省乡镇企业产品检测中心

云南省草地动物科院研究院

云南省良种繁殖场

云南省保山疫苗厂

云南省农业技术培训中心

云南省种畜场

云南省农业投资公司