1992年，地方提出设立大学的需求。

1997年，台湾教育部门指派国立高雄科学技术学院，设立金门分部。

2003年，正式批准独立为“国立”金门技术学院。

2008年，增设马祖分班（四技日间部：食品科学系、建筑系）。

2024年4月13日，获得台湾教育部门审查通过，将升格为综合大学。

2024年8月1日，正式升格改名为“国立”金门大学。