途经城市不同、建设时间不同、线路性质不同等。

1、途经城市不同：京广线途经的主要城市包括北京、石家庄、郑州、武汉、长沙、广州等；而京九线途经的主要城市只有南昌、广州等少数几个，且京九线的线路相对较曲折，被戏称为“扶贫线”。

2、建设时间不同：京广线始建于20世纪初，1957年全线通车；而京九线则是在1996年才建成通车，是为了缓解京广线的运输压力而建设的。

3、线路性质不同：京广线是连接中国南北地区的重要干线，而京九线则是连接中国东部沿海地区和西部内陆地区的重要干线，也是连接中国和东南亚地区的重要通道之一。