基因重组指在生物体进行有性生殖的过程中，控制不同性状的基因重新组合。

其发生在二倍体生物的每一个世代中。每条染色体的两份拷贝在有些位置可能具有不同的等位基因，通过互换染色体间相应的部分，可产生于亲本不同的重组染色体。

重组来源于染色体物质的物理交换，减数分裂前期，每条染色体有4份拷贝，所有的4份拷贝紧密相连，发生联会。这个结构称为二阶体，二阶体的每条染色体单元称为染色单体，染色体物质的两两交换就发生在不一样的染色单体（非姐妹染色单体）之间。

从广义上讲，任何造成基因型变化的基因交流过程，都叫做基因重组。

广义的基因重组可以分为三个水平：

（1）整体水平：生物的有性杂交；（2）细胞水平：细胞融合；（3）分子水平：一个生物体的基因插入另一生物体的DNA中。

基因重组是遗传的基本现象。

无论高等真核生物，还是细菌、病毒都存在基因重组现象；不仅在减数分裂中发生基因重组，在高等生物的体细胞中也会发生重组；重组不只是在核基因之间发生，在叶绿体基因间、线粒体基因间也可以发生。