1. 旗舰店在天猫中主要经营自己的品牌，通常只有一个品牌，不会涉及其他非相关品牌。

2. 专卖店是由品牌企业授权的加盟店，并非店铺所有者自设。例如，耐克或阿迪达斯会授权给其他商家在网上销售其产品。

3. 专营店可以经营自有品牌和他人的品牌，店铺专注于单一类商品，如鞋子，但可以销售多个品牌，如耐克、阿迪达斯等，品牌数量不受限制。

旗舰店、专卖店和专营店在经营主体、品牌资质和经营范围上存在差异。

旗舰店的主体是自有品牌企业，旗舰店所售品牌必须是企业所有或法定代表所有。

专卖店的主体必须是获得品牌所有者正式授权的企业法人。

专营店的主体则必须是在中国大陆注册的企业法人。

在品牌资质方面：

旗舰店必须拥有国家商标总局颁发的商标注册证或受理通知书。

专卖店需要品牌所有者提供的商标注册证和授权书，如果品牌所有者是个人，还需提供身份证复印件并在授权书上签字。

专营店经营他人品牌时，需要提供完整的授权书和品牌持有人的商标注册证。如果无法提供逐级授权，可以提供供货商出具的正规渠道证明和其他相关文件。