中电科南京的研究所主要包括中国电子科技集团公司第二十八研究所。

二十八所始建于1964年，是我国从事指挥自动化系统工程研制、空中交通管制系统等大型电子信息系统的研制以及各级各类信息系统专用设备研制生产的骨干研究所。该所不仅承担军、民用电子信息系统工程的总体设计、研制开发、系统集成以及系统配套设备研制、生产等任务，还负责我国指控系统和空管系统领域设计、制造、使用方面的国家和行业标准制定。二十八所是全国空管系统技术总体单位，具有军工一级保密单位、武器装备科研生产单位等多项重要资质，并通过了多项质量体系认证。

在科研实力方面，二十八所拥有博士后科研工作站、信息系统工程重点实验室和国家空管工程技术中心，科研实力雄厚。该所先后取得各类科技成果1000余项，其中包括多项国家科技进步特等奖、一等奖和二等奖，以及省部级科技进步特等奖和一等奖，为我国国防现代化建设和国民经济信息化发展做出了重大贡献。

此外，二十八所还致力于高端人才的培养和引进，拥有大量的博士、硕士等高层次人才，以及国家及省部级各类专家。这些人才为二十八所的持续发展和科研创新提供了强有力的支撑。

综上所述，中电科南京的研究所以二十八所为代表，在指挥自动化系统工程、空中交通管制系统等领域具有深厚的科研实力和丰富的成果积累，为我国国防和国民经济信息化建设做出了重要贡献。