神祇（qí）和神祗（zhī）在中文中具有不同的含义。神祇通常指地神，而神祗则可以泛指神。容易引起混淆的是，两者的读音和字形都极为相似，这导致在古代文献中出现混用的情况。为了理解这种混淆的原因，让我们深入分析一下相关的字典解释和古代文献引用。

在《正字通·示部》中，"祗"和"祇"被认为是通用的，而在唐韩愈的《与孟尚书书》中，"天地神祗，昭布森列"这句话表明了神祇与神祗在古代文献中被频繁提及。《辞源》（1982年版）对于"祗"的解释是"恭敬"，并指出它与"祇"、"秖"、"只"等字形相近，古籍中常有混淆使用的情况。这里的"混用"并未明确指出为通用，而是暗示了误用的可能性。

对于"祇"的第一项解释，指的是地神。《说文》中提到"祇，地祇，提出万物者也"，并引用《论语·述而》中的"祷尔于上下神祇"。《祇》字在《论语》中的误用表明了在古代文献中确实存在混淆使用的情况。

《大辞典》明确指出将"地神"义的"祇"写作"祗"是错误的。《通假字汇释》（冯其庸、邓安生，北京大学出版社2006年版）中对"祇"的解释包括了"通'祗'"，并解释为"尊敬、恭敬"。尽管在第三个通假项的解释中使用了"混用"一词，但其后有按语指出"祇、祗二字形近，古籍中多混用"，这表明在表达尊敬、恭敬的意义时，"祇"与"祗"是可以互换的。

在《通假字汇释》的第二个通假项解释中，明确指出"通'祇'"，并解释为"地神"。《墨子·天志中》中引用的"不肯事上帝，弃厥先神祗不祀"表明"神祗"与"祇"在古代文献中可以互换，同时暗示了"祗"在表示地神含义时的误用。

综上所述，神祇（qí）和神祗（zhī）在古代文献中存在混淆使用的情况，特别是当它们分别表示地神和更广泛意义上的神时。《辞海》（1989年版）和《王力古汉语字典》（2000年版）等工具书对这一现象也有明确的解释。这种混淆主要是由于字形相似和古代文献中的用法不统一所导致。理解这种混淆对于正确解读古代文献至关重要。