河海大学常州校区与本部之间存在显著差异，主要体现在以下几个方面：

首先，两者的地理位置不同。河海大学本部位于南京，而常州校区坐落于江苏省常州市，两地相距约120公里。

其次，建校时间也有所区别。河海大学本部的历史可追溯至1915年，而常州校区则是在1986年成立。

在学科设置方面，本部包括水文院、水电院、港航院、土木院、环境院等专业学院，而常州校区则以机电工程学院、物联网工程学院、企业管理学院和基础学部为主。

此外，占地面积也是两者之间的差异之一。河海大学本部的占地面积更为广阔，而常州校区则相对较小。

综上所述，尽管河海大学常州校区与本部共享同一学府的品牌和声誉，但两者的地理位置、建校时间、学科设置和占地面积等方面均存在明显的差异。