17世纪，德川家康创立了一种由幕府和藩国共同管理的封建制度，即著名的“幕藩体制”。在这个体系中，将军坐拥日本最高统治者的地位，幕府作为国家的核心政权机构，掌控全国的藩国。大名，即各藩的统治者，对幕府效忠，遵循交替参觐的制度，表明对将军的忠诚。尽管大名在自己的领地内拥有相当的自主权，包括行政、司法、军事和税收等方面，但他们的行动仍受到幕府的严格监督。

全国范围内，实行的是封建土地所有制，农民耕种领主的土地，以地租的形式缴纳贡品，并履行各种封建义务。幕府对农民实行登记制度，以强化对人民思想的管控。大名分为三类：将军亲属占据近畿附近的领地，忠诚家臣则在早期战役中崭露头角，而那些战后投降但未完全获得幕府信任的大名，通常被安置在边疆地区。

为了稳固政权和保卫领土，幕府实行了闭关锁国政策，这一政策直到明治维新时期才被打破。幕藩体制既有其积极的一面，如地方自治和稳定，但也存在局限性。江户幕府的统治体制，以“幕藩制”为代表，中央的幕府与地方的藩国相互制衡，形成了一种独特的政治格局。