郴州市农业局设有多个职能科室，分工明确，以服务农业生产与农村发展。以下是各科室的主要职责：

办公室: 负责制定年度工作计划，协调政务活动，包括文秘、会务、机要、档案管理、信息沟通、安全保密、信访接待、督查督办、新闻宣传、政务公开、应急管理和综合治理等。同时，管理农业系统安全生产和信息化建设，承担农业统计工作。

计划财务科: 主要负责农业中长期发展规划的制定和监督实施，提出财政、信贷、保险政策建议，编制和执行部门预算，负责农业固定资产投资和项目建议，监督项目资金使用。

行政审批科（政策法规科）: 统一处理行政许可、收费事项，提出产业保护政策，执行农业法律法规，推进依法行政，负责农业行政执法和法制服务，进行规范性文件和重大决策的合法性审核。

粮油作物科: 制定发展政策，指导种植结构调整，标准化生产，品种引进和产业化工作，参与主导品种筛选，参与产品质量安全监管。

经济作物科（市绿色食品办公室）: 制定经济作物发展政策，指导种植技术，品种推广，参与产品质量安全管理和认证管理工作。

蔬菜科: 负责蔬菜产业发展，制定政策，管理法规，指导生产、流通和农村蔬菜发展，负责蔬菜质量监管和基地建设。

植保植检科（农药管理科）: 监测和防治农作物病虫害，承担检疫和有害生物疫情工作，引进和推广植保新技术和农药管理。

种子管理科: 管理种子生产、经营和质量，指导种子储备，市场监管和技术鉴定，指导新品种展示和试验示范。

土肥和农业环境保护科: 制定土壤肥料和农业环保规划，负责基本农田保护、耕地质量管理和农业野生植物监管，参与外来物种管理和乡村清洁工程。

监管和信息科: 负责农产品质量安全监管，制定规划，指导生产技术规范，组织检验检测体系，提出流通和价格政策，指导农产品产后处理和信息服务。

政工科: 负责局机关和直属单位的人力资源、组织机构和精神文明建设工作，协调干部队伍建设。

局机关党组织: 负责党群工作。

纪检（监察）机构: 根据相关规定设置，负责监督工作。