《使徒行者》主要说的是在灰色地带下挣扎求生存的警队卧底。因为警队一高层的离奇死亡，与死者联系的五名卧底全部失踪，他们掌握着黑帮的高度机密，那么谁是卧底？谁是黑警呢？

第一个被曝光的卧底是丁小嘉（佘诗曼饰演），她一出道就是一个舞厅小姐，因为她妈妈也是这一行的人，因为出老千被人家打得半死，之后不治身亡。妈妈的好姐妹合力将她养大，她非常尊敬这三个妈妈。在她们的教导下，小小年纪就知道了逢迎，懂得看人说话。二十多岁的时候，投考了警察被康道行看中成为卧底，康sir被杀以后，卓凯(苗侨伟饰)出现了，找到了她，请她帮助找到其他卧底。

第二个卧底是薛家强（林峰饰演），他表面上是一个毒贩，实际上是一个外围集团的「大艇」，接触到不同的人，在机缘巧合下，丁小嘉跟他接触了，帮助他扩大了事业，让他觉得此女不简单。当然，在危难的时候，薛家强也挺身保护她，二人的关系更加紧密，当然，相互之间的猜疑也在不断增加。随着时间的推移，两个人逐渐找到了默契，开始了放下防备，直面自己。

第三个卧底是连浩勤（沉震轩饰演），他一开始在投资银行工作，有一位在icac任职的女友莫羡昕，为了卧底，采取了亏空公款的方式，这让女友很伤心，认为他是一个看中钱财的人，就提出了分手，让连浩勤很受伤，经过一段时间疗伤后，开始了自己的卧底生涯，在监狱中和覃欢喜(许绍雄饰)相遇，利用自己的才能帮助覃欢喜获得了不少利益，成为他的左膀右臂。

第四个卧底是康芝欣（高海宁饰演），她表面上是一个黑帮的大姐大，已经变节了。看来在卧底的过程中还是会出现一些问题，就是个人意志不坚定的话，就可能出现这样的问题。

第五个是张木荣（梁烈唯饰演），他跟着薛家强干，是他手下马仔。年纪轻轻就跑江湖，但是没有什么心机，所以一直是薛家强在照顾他，他对老大也很感激，一直追随左右，他认为自己i可以跟着老大有汤喝，有肉吃，但是网友们认为他太单纯了，不适合当卧底，可能这就是他最好的掩护色吧！

卧底们面对的不仅仅是对手，还有自己的人，那就是黑警。第一个人是叶sir，叶兆良总督察，年纪有为，只是心胸窄了一些，跟卓凯不对付，甚至针对女友莫羡昕的前男友，这样的总督察，一看就是一个反面人物，在剧中已经展现了他跟覃欢喜有暗中联系，说明他是一个黑警。

还有一个级别更高的，那就是郭学华（刘江饰演）。他因为陷害卓凯而使得在狱中的卓凯试探出了这个黑警就是郭sir。而郭学华也是继叶兆良之后又一个更高一级的大黑警。这个应该是卓凯没有想到的。这个就跟薛家强在剧中说的那样：除了赌桌上的庄闲外，认为所有情况都有变化。

黑警和卧底，是敌是友，难以分辨！在现实中也是如此，我们的朋友，也有可能是我们的敌人，我们应该如何保护自己？