邳州下辖4个街道和21个镇，490个居委会和村委会。邳州市人民政府驻东湖街道。

街道：

东湖街道、运河街道、炮车街道、戴圩街道。

乡镇：

邳城镇、官湖镇、碾庄镇、四户镇、土山镇、港上镇、赵墩镇、邹庄镇、陈楼镇、占城镇、新河镇、八路镇、铁富镇、岔河镇、邢楼镇、戴庄镇、义堂镇、车辐山镇、八义集镇、宿羊山镇、燕子埠镇。