哈工程青岛校区是本部的分校区。哈尔滨工程大学拥有两个校区，分别是本部哈尔滨校区和青岛校区，青岛校区是在2024年8月30日与青岛市人民政府签署共建框架协议后建立的，青岛校区主要围绕船舶与海洋、海洋信息、船舶动力、先进核能与核安全、海洋新材料、海洋科学等特色学科专业，培养高层次人才，与哈尔滨本部校区共同促进教育科研事业发展，所以哈工程青岛校区是本部的分校。