二者区别在于性质和化学特性不同。

1、性质不同：甲氧基是一个官能团，由一个甲基和一个氧原子组成，化学式为-CH3O。而醚键是一种化学键，由两个碳原子之间的氧原子连接而成，化学式为-C-O-C-。

2、化学特性不同：甲氧基通常作为一个官能团出现在有机化合物中，可以与其他官能团进行反应。例如，甲氧基可以被氢化、酯化、烷基化等化学反应影响。醚键则是一种连接两个碳原子的化学键，是一种弱极性键，常见于有机化合物中。醚键的特点是具有较高的惰性和稳定性，通常不易被其他官能团的反应所影响。