南京高校的学术地位一般高于江苏其他大学。

首层是南京大学与东南大学，南京大学为C9联盟成员，曾是国立中央大学文理学院。东南大学则为985工程成员，曾为国立中央大学工学院。

第二层包括河海大学、南京农业大学与南京师范大学。河海大学在水利工程领域与清华大学并列顶尖，南京农业大学则在农业与生命科学方面具有全国领先地位，是世界一流的农林类高校。南京师范大学是中国师范教育的起源之一，金陵女大是中国最早的女子高校。

南京航空航天大学与南京理工大学也位列第二层，这两所211工程成员高校在航空航天及炮工等领域拥有极强实力与影响力，为国家的国防事业作出了杰出贡献。

中国药科大学、南京信息工程大学与南京林业大学同样位于第三层。中国药科大学是中国唯一直属教育部的药科类大学，拥有强大的科研实力与药理、毒理学领域的领先地位。南京信息工程大学曾是国立中央大学气象学院，现为双一流学科建设高校，其气象专业顶尖。南京林业大学则是由南京大学农学院森林系与金陵大学农学院森林系合并而成，同样为双一流学科建设高校之一。

南京邮电大学、南京审计大学、南京财经大学、南京工业大学、南京医科大学与南京中医药大学等高校也各自在不同领域展现出色的学术成果与贡献。