上海海事大学入选国家级一流本科专业建设点的7个专业为：航海技术、轮机工程、交通运输、物流管理、法学、物流工程、工业工程。其中，交通运输规划与管理为国家重点（培育）学科，船舶与海洋工程、管理科学与工程、交通运输工程等为省部级重点学科。

上海海事大学还拥有国家级特色专业包括物流管理、航海技术、机械设计制造及其自动化、轮机工程、航运管理等。物流管理专业由交通运输学院负责，航海技术专业由商船学院负责，机械设计制造及其自动化专业由物流工程学院负责，轮机工程专业及航运管理专业同样由商船学院和交通运输学院负责。