A、生物进化的实质是种群基因频率的改变，随机交配种群的基因频率不变，A正确；

B、生殖隔离是新物种形成的标志，故两个种群间的生殖隔离一旦形成，这两个种群就属于两个物种，B正确；

C、物种之间的共同进化是通过物种之间以及物种与环境的生存斗争而实现的，C正确；

D、生物多样性包括遗传多样性、物种多样性和生态系统多样性，D错误．

故选：D．

种群是生物进化的基本单位，生物进化的实质是种群基因频率的改变．突变和基因重组，自然选择及隔离是物种形成过程的三个基本环节，通过它们的综合作用，种群产生分化，最终导致新物种形成．在这个过程中，突变和基因重组产生生物进化的原材料，自然选择使种群的基因频率定向改变并决定生物进化的方向，隔离是新物种形成的必要条件．