山东省曲阜市拥有多所高等教育机构，涵盖不同教育层次。曲阜远东职业技术学院成立于1998年，经山东省人民政府批准、国家教育部备案，是中国大陆第一所台资普通专科院校。学院以全日制普通高等职业教育为主，致力于为社会培养实用型人才。

曲阜师范大学，历史悠久，起始于1955年在济南创办的山东师范专科学校，1956年9月迁址至曲阜。1981年，学校被列为山东省重点建设的六所高校之一，1985年11月正式更名为曲阜师范大学，2024年入选山东省应用型人才培养特色名校，成为省重点大学。

齐鲁理工学院成立于2005年，前身是曲阜师范大学杏坛学院。2024年5月，经教育部批准，学院转设为普通本科高校，由曲阜师范大学杏坛学院与山东杏林科技职业学院合并而成。

济宁学院，位于孔子故里曲阜市，是国家教育部批准设立的一所全日制普通本科高等院校。学院成立于1951年的滕县专区干部文化学校，经过多次发展和变革，2007年3月改建升格为济宁学院。