在上古时期，关于混沌大神的身份，有诸多传说。据传，第一代混沌大神为创世元灵，乃先天混元之元灵，掌握了宇宙之初的造化神器。创世元灵无肉身、无实体，却倾注无数心血，最终道法圆满，功德高超。

第二代混沌大神包括鸿钧老祖、混鲲祖师、女娲和陆压。他们是创世元灵的四大弟子，各自继承了混沌之力。

第三代则有太上老君、原始天尊、通天教主，他们是鸿钧老祖的三大弟子。此外，还有接引道人和准提道人，他们是混鲲祖师的两大得意弟子，后来成为西方教的大小教主。接引道人后来修成金身，即如来佛主，属于现在的佛。西方教被吞并后，成为佛教。准提道人即菩提祖师，西方教消失后，隐居在西牛贺洲灵台厅派方寸山，斜月三星洞。

第四代有玄都大法师，他是太上老君的唯一弟子。原始天尊的十三弟子中，文殊广法天尊、普贤真人、慈航道人后来都入了释门，分别成为文殊并伏禅菩萨、普贤菩萨、观音大士。惧留孙、南极仙翁、清虚道德真君、玉鼎真人、太乙真人、赤精子、黄龙真人和广成子等人，都是这一代的重要人物。他们共同构成了上古时期混沌大神的谱系。