这两个词的含义上没区别，只是说法不同

政府机构：在广义上指中央和地方的全部立法、行政、司法和官僚机关。狭义的政府机构仅指中央和地方的行政机关、官僚机关，即依照国家法律设立并享有行政权力、担负行政管理职能的那部分国家机构，在我国，亦称为“国家行政机关”。

政府：即国家权力机关的执行机关，是国家行政机关。

政府是国家公共行政权力的象征、承载体和实际行为体。政府发布的行政命令、行政决策、行政法规、行政司法、行政裁决、行政惩处、行政监察等等，都应符合宪法和有关法律的原则和精神，都对其规定的所有适用对象产生效力，并以国家武装力量为后盾的强制执行。

广义的政府是指国家的立法机关、行政机关和司法机关等公共机关的总合，代表着社会公共权力。政府可以被看成是一种制定和实施公共决策，实现有序统治的机构，它泛指各类国家公共权力机关，包括一切依法享有制订法律、执行和贯彻法律，以及解释和应用法律的公共权力机构，即通常所谓的立法机构、行政机构和司法机构。从这个意义上说，“政府就是国家的权威性的表现形式”。

政府是国家权力机关的执行机关，是国家政权机构中的行政机关，即一个国家政权体系中依法享有行政权力的组织体系。《中华人民共和国宪法》规定，人民代表大会行使立法权（第五十八条、第一百条），人民法院行使审判权（第一百二十六条），人民检察院行使检察权（第一百三十一条），人民政府自动行使行政权（第三、五、六节）。