1、经营管理模式不同。京东直营店是由总公司直接经营管理的，因此投资、经营和管理均由公司直接负责。而自营店则是由商家自行运营，货源和价格由商家自己解决，因此自营店的利润相对较高。

2、平台扶持力度不同。相较于直营店，平台可能会对自营店给予较少的扶持，因为直营店是平台自己开设的，流量和资源自然会优先分配给直营店。

3、配送方式不同。自营店的商品由京东自行配送和发货，并负责提供售后服务。如果商品出现质量问题，京东会直接负责处理，不会麻烦商家。而直营店的商品则由商家自行安排快递公司发货，并负责售后问题，京东只负责监督。

4、利润来源不同。商家向京东自营提供产品时，供货价较低，相当于将一部分零售利润让渡给京东。但这样做可以换来更高的产品曝光率和销量。

5、流量差异。自营店获得的流量通常会高于直营店，而且某些京东礼品卡只能用于购买自营店的商品。平台也会通过举办更多活动为自营店吸引流量，以快速消化库存，为京东创造利润。

6、产品标准不同。京东自营店以京东自身的品牌为招牌，在销售、口碑、服务、价格方面具有优势，但对库存和销售的要求非常严格，产品可靠性、售后服务和物流都有严格标准。直营店在产品线上的灵活性更高，可以涵盖全品牌、全型号。在产品长周期和多元化方面，直营店的优势要高于自营店。

7、扣点不同。第三方店铺在京东的扣点较低，这意味着商家的利润较高，但相应的流量也会较少，销量不易提升。

8、商家和经营方式不同。京东自营店是京东商城自己运营的店铺，自行进货和经营。京东直营店则是京东商城将部分店铺出租给第三方经营，称为非自营店。而京东只是提供一个交易平台，其他品牌商进来的店铺则称为京东自营店。