合肥工业大学作为一所理工类院校，其学科建设表现突出。根据教育部第四轮学科评估，学校管理科学与工程评级为A，马克思主义理论、机械工程、仪器科学与技术、计算机科学与技术、工商管理均评级为B+。学校目前为“双一流”建设高校，拥有一流建设学科“管理科学与工程”。其综合实力在211高校中处于中等偏上。重要学科评估情况如下：全国第四轮学科评估中，马克思主义理论、机械工程、仪器科学与技术、计算机科学与技术、工商管理均评级为B+。此外，学校在ESI全球排名中，化学、工程学、材料科学、计算机科学、农业科学学科进入全球1%。