1. 京东快递是指京东自营的物流服务，它为京东自营店铺提供快速的配送，通常在第二天就能送达，得益于其在各地的仓库布局。而京东物流是指京东为第三方卖家提供的物流服务，它涉及从卖家处收取商品然后运送到消费者手中的过程，因此时效上可能会慢一些。

2. 京东自营店是由京东直接运营的店铺，商品由京东采购，店铺的物流、客服等都由京东负责。这意味着商品质量、发货速度和售后服务都有京东的保障，因此这些店铺的商品质量和服务通常很有保证。由于这一体系的支持，京东自营店的商品价格可能会有所上涨，但这也带来了更完善的售后服务和更快的物流速度。

3. 京东旗舰店则类似于天猫或淘宝上的品牌官方旗舰店。虽然这些店铺不属于京东平台，但它们是品牌直接运营的店铺，商品通常由品牌制造商直接发货。商品质量是有保障的，但在物流和售后服务方面，京东旗舰店可能不如京东自营店。尽管有些品牌与京东自营店合作，提供类似的服务水平，但在相同条件下，京东自营店通常会提供更好的整体购物体验。