溴甲烷主要用作化工原料，用为甲基供体。还用于从种籽、花中提炼油、羊毛脱酯、熏蒸杀虫剂。重蒸对象主要有仓储谷物、经济作物、田基土壤以及大型建筑物然后如磨坊、仓库及房舍等。

化工生产工人和熏蒸工可接触不同浓度的溴甲烷。它具有强烈的熏蒸作用，能高效、广谱地杀灭各种有害生物。它对土壤具有很强的穿透能力，能穿透到未腐烂分解的有机体中，从而达到灭虫、防病、除草的目的。

土壤熏蒸后，残留的气体能迅速挥发，短时间内可播种或定植。除了主要用作土壤熏蒸剂外，溴甲烷还用于需贮存的货物和易腐物品的熏蒸，有时也用作建筑物、船只和飞行器的消毒剂。由于溴甲烷无色无味，为了保证使用者的安全

常常在这种熏蒸剂中加入约2%的催泪剂，用作警报剂。

早年文献特别是欧洲各国文献中所总结的溴甲烷中毒临床经验资料，多因接触用作制冷剂、灭火剂的溴甲烷而致中毒。由于溴甲烷毒性大，累出事故，现已不用作制冷、灭火剂。