本作的剧情跨越时间为1961年~1968年，另外有一关雷泽诺夫的回忆，控制雷泽诺夫与迪米特里并肩作战，时间是1945年（二战关卡）。 二战后期，第三帝国意识到战败已成定局，于是开始研究“非常规方案”，之后代号为Nova 6 的研究计划启动，由生化博士弗里德里希·斯坦纳（Dr. Friedrich Steiner）带队的纳粹科学家（其中有一位叫克拉克的化学工程师）成功研制出一种毁灭性的大规模杀伤性毒气，纳粹甚至已经计划好通过V2导弹和毒气对盟国发动袭击，准备先对华盛顿和莫斯科下手。幸运的是，在这千钧一发的时刻，运载毒气的货轮在北极圈附近遭到英军轰炸而搁浅了，更倒霉的是，德军还没来得及回收毒气，盟军就已经攻陷了柏林，元首希特勒自杀，德国投降了，这样一来毒气已经没有了存在的必要。德军曾暗中派遣一支SS党卫军部队随舰保护，并准备万一货轮遭到袭击就销毁毒气。但是斯坦纳博士是个有野心的人，他不甘心就这么结束，于是他暗中联系了苏军某军官德拉格维奇（Dragovich，本作头号Boss）。于是，苏军计划了一次“奥林匹斯行动”（operation olympus）。 剧情按时间线编排 1945年10月29日，德拉格维奇和他的副官克拉夫琴科（Kravchenko，本作第二号Boss）带领苏军第三突击集团军（3rd shock army）突袭货轮残骸，在这次行动中，原5代的苏军战役主角迪米特里·彼得连科和维克多·雷泽诺夫（Dimitri Petrenko和Viktor Reznov，迪米特里就是5代中苏军关卡玩家控制的角色，而雷泽诺夫就是在苏军关卡和迪米特里并肩作战的老头）也参加了这次行动。（5代中苏军最后一关，迪米特里和雷泽诺夫攻入柏林国会大厦，迪米特里在胜利的最后关头中了冷枪，但最后仍坚持把苏联国旗插上国会大厦楼顶，之后这两位在没有返回苏联本土的情况下就又被分配到第三突击集团军，参加了这次行动，而德拉格维奇和克拉夫琴科正是当年德军围攻斯大林格勒时临阵脱逃的两个指挥官。） 行动非常顺利，在德拉格维奇、克拉夫琴科、迪米特里、雷泽诺夫的带领下，苏军很快突入德军内部，找到了斯坦纳博士，然后顺利拿到了毒气（毒气没有来得及被党卫军销毁）。这时，德拉格维奇想试试毒气的威力，同时主要也是为了排除身边的反对派，于是将雷泽诺夫和迪米特里的部队逮捕。之后就在那个货船中，迪米特里在密闭舱里被毒气毒死，死状极惨，而在雷泽诺夫要被毒死的时候，英军特种部队杀到（应该是来抢毒气的），德拉格维奇和斯坦纳等人立刻撤走，而雷泽诺夫和几个幸存的弟兄在混乱中从英军和苏军之间杀了出来，同时为了不让任何一方得到Nova 6，雷泽诺夫将货轮炸沉，但是斯坦纳博士还活着，毒气并没有完全消失。之后雷泽诺夫被德拉格维奇抓获，强行关入了沃尔库塔（Vorkuta）集中营。 1961年4月17日，美国对古巴发动猪湾行动（即历史上的“吉隆滩之战”），游戏中的剧情和历史不同，CIA特工亚历克斯·梅森（Alex Mason，本作主角）和队友伍兹（Woods）、鲍曼（Bowman）组成了代号40的小组奉命刺杀古巴共产党领袖菲德尔·卡斯特罗（Fidel Castro）。行动非常顺利，三人顺利杀入卡斯特罗官邸内部，梅森亲手杀死卡斯特罗，之后三人顺利登上逃亡的飞机，但是在飞机因机场跑道被敌人用车辆堵塞而无法起飞，梅森毅然跳下飞机利用路边的防空炮击毁路障，飞机顺利起飞逃走，但梅森却被古巴共产党抓获。梅森醒来后，发现自己在海边，旁边有一艘写有RUSALRA的大货轮（这实际上就是德拉格维奇发布广播的秘密通讯基地），而卡斯特罗竟活生生站在自己面前，另外还有德拉格维奇和克拉夫琴科。通过他们的谈话得知，卡斯特罗早已知道CIA的刺杀计划，梅森杀死的只不过是个替身，之后卡斯特罗将梅森当做“礼物”交给德拉格维奇，并请德拉格维奇折磨他。 梅森被送到了沃尔库塔集中营，在这里德拉格维奇和斯坦纳博士似乎有另一个秘密研究，他们对某些犯人进行洗脑，让其为自己服务。由于梅森本就是CIA特工，很适合拿来作杀人工具，于是被他们实施了洗脑，灌输了刺杀美国总统肯尼迪的命令，同时还在大脑里植入了一套密码破译程序。但是梅森具有超强的意志，对德拉格维奇的命令并没有很明确的反应，于是判定对他的洗脑失败了，斯坦纳博士放弃了梅森，将他送回集中营，负责拖他回去的正是雷泽诺夫。雷泽诺夫一心想要报仇（德拉格维奇不止一次背叛他，而且迪米特里的仇也要报），但是凭他自己似乎实力不足，于是当他发现梅森被洗脑的事情后，就对梅森灌输了“德拉格维奇、克拉夫琴科、斯坦纳都必须死！”的思想。日后梅森与雷泽诺夫相识，并和其成为了好朋友，雷泽诺夫计划将梅森送出去。而梅森自己对于被洗脑的事情一无所知。 1963年10月6日，雷泽诺夫领导劳工们发动了计划已久的暴乱，混乱中大量劳工被杀，梅森和雷泽诺夫并肩作战，成功杀出沃尔库塔，最后雷泽诺夫送梅森跳上了路过的一列货运火车，而他自己为了让梅森能成功脱身而驾驶卡车朝另一个方向开去，以吸引追兵的注意，之后梅森成功逃出，雷泽诺夫生死不明。 一个月后，1963年11月10日，梅森回到了美国，在通过忠诚测试后，又重新成为CIA特工，贾森·哈德森（Jason Hudson）成为了他新的搭档。国防部长麦克纳马拉带领梅森和哈德森通过层层警卫，进入五角大楼。肯尼迪总统在五角大楼亲自召见了梅森，这次见面中梅森产生了杀死肯尼迪的冲动，但是他压制住了自己。肯尼迪给了他一个刺杀苏联激进分子德拉格维奇的任务，梅森接受了任务。 一周后，1963年11月17日，CIA实施了闪电行动，几名特战队员伍兹、梅森、鲍曼、布鲁克斯（Brooks）配合内应威夫尔（Weaver）袭击苏联的拜科努尔（Baikonur）航天发射场，任务包括：杀死由一些投降苏联的纳粹科学家组成的阿松森组织的成员，以及破坏这些科学家为苏联开发的联盟2号火箭（导弹），并消灭苏联激进分子（包括德拉格维奇）。威夫尔在这次行动中暴露了自己，被克拉夫琴科扎瞎了一只眼睛，但还是被众人救出。最后众人杀到火箭控制台，可时间却已经不够了，威夫尔无法停止火箭发射，情急之下梅森拿起存放在控制台门口的一支M72 LAW把火箭打了下来，并趁乱杀死了科学家们。之后，梅森执意要找到德拉格维奇和克拉夫琴科并亲手杀死他们（被洗脑的后果），但克拉夫琴科已经乘直升机离开，梅森一行人最终击毁了德拉格维奇的座车，但不知德拉格维奇是否死亡。 1968年1月21日，梅森和哈德森被编入MACV-SOG小组来到越南溪山美军营地，调查并搜集苏联暗中在越南行动的证据，在这里二人与伍兹相遇。此时刚好碰上越南共产党发起溪山战役大举炮击进攻，于是三人协助基地内美军击退了北越军队的进攻，最后鲍曼来到营地加入小队。 1968年2月2日，美军在越南已经接近失败，有消息称西贡市（即今胡志明市）内一个苏联叛徒手中有一份重要档案，现在该人在西贡市内MASV-SOG的安全屋中，但营地已经与安全屋失去联系。但是梅森并不愿意放弃，SOG毅然空降到被围攻的西贡寻找证据，在某幢大楼里，梅森与雷泽诺夫相遇并找到一份档案，竟然是关于Nova 6计划的。之后小队在掩护一队美军撤离后成功撤退。 1968年2月9日，通过对文档的研究，CIA发现了其中一个线索——化学工程师克拉克（Clarke），很快CIA便确认了克拉克的藏匿地址：香港九龙！于是哈德森和威夫尔便被派到九龙，抓住了克拉克并审问他，克拉克说出了斯坦纳博士及其实验室的地址，但是没等克拉克说出更重要情报，苏联特种部队就杀到了。克拉克释放了事先布置好了毒气，使苏军遭受重创，克拉克带领哈德森和威夫尔逃到小房间里，然后打开一个密室，里面竟然是个私人军火库，三个人拿上武器冲出包围，途中克拉克说出了一串数字，但是在他刚要说出这串数字的含义的时候却被流弹打死。哈德森和威夫尔则在援军到来后成功撤退。 1968年2月9日，根据之前找到的文档，CIA怀疑克拉夫琴科上校（德拉格维奇的副手）在越南进行毒气测试，同时CIA得知克拉夫琴科上校在越南北部，于是在越南的SOG小组（伍兹、梅森、鲍曼三人组）便被派往越北搜寻证据并除掉克拉夫琴科，但是他们搭乘的飞机在途中被击落了，之后三人通过水路潜行，摸进了一个北越营地，最后梅森在北越军的一处洞穴里发现了克拉夫琴科的通讯站，但是克拉夫琴科早已逃走，梅森只拿到了一些资料。 1968年2月11日，从哈德森那里得到消息说，有一架装载Nova 6 毒气的苏联运输机在老挝边境坠毁，于是SOG（伍兹、梅森、鲍曼）半夜乘船赶往老挝越南边境搜寻飞机残骸，最后发现残骸里根本没有Nova 6，反而只有大量苏联仿制美军的武器，之后发现这是个圈套，三人被围攻上来的大批敌人俘虏。梅森发现敌人的指挥官正是德拉格维奇和克拉夫琴科。 1968年2月18日，CIA判定梅森等人在行动中失踪，生存可能性很低。梅森失踪后，哈德森只能自己带领威夫尔、哈里斯（Harris）、布鲁克斯共四人在黑鸟侦察机的指引下前往之前由克拉克提供的位于乌拉尔山脉的亚曼托山的斯坦纳博士的实验室。在任务过程中，哈里斯掉下悬崖牺牲，其他人最终找到了斯坦纳的办公室，但是斯坦纳并没有在这个基地，整个基地布满了炸弹和导线。这时斯坦纳破解了哈德森等人的无线电频率，并联系到了他们，斯坦纳告诉他们，德拉格维奇正在清理所有与Nova 6有关的设施和人员，他自己也将遭殃（Nova 6 已经研发完毕，德拉格维奇又要灭口了）。而且德拉格维奇在美国布置了大量毒气仓，只要通过广播特定的密码，这些毒气仓就会自动开启，以挑起美苏之间的战争。德拉格维奇很快会开始广播，只有斯坦纳自己知道如何停止广播，同时他又说了自己的所在的基地——咸海的重生岛，言下之意就是要美军去那里救他。之后威夫尔拍下了毒气仓的布置点，大家便杀出基地。 1968年2月19日，剧情回到梅森这边，梅森等三人被捕后，被关在老挝某处审讯，德拉格维奇派遣了一队Spetsnaz（苏联特种部队）协助北越游击队看管被关在水牢中的三人，一个Spetsnaz军官出于无聊让三人玩俄罗斯轮盘赌，鲍曼因不满而被杀，随后梅森与伍兹互相配合，借机杀了几个看守逃了出来，并抢来了苏军停在营地门口的直升机，两人开着抢来的直升机端掉了敌人的一个营地并摧毁了敌人的输油管。随后二人杀到另一处基地，营救了一队被俘的美军，梅森再次与雷泽诺夫相遇。并得知克拉夫琴科就在基地里，最后梅森被克拉夫琴科偷袭，为了救梅森，伍兹用匕首刺中克拉夫琴科，但克拉夫琴科拉开了身上的炸药，伍兹为了不殃及梅森，抱着克拉夫琴科冲出玻璃窗，与其同归于尽。 1968年2月23日，得知了斯坦纳的地址的梅森和雷泽诺夫一起来到重生岛，由于他脑子里有“德拉格维奇、克拉夫琴科、斯坦纳都必须死”的信念，所以他一定要亲手杀死斯坦纳（或者亲眼看到斯坦纳死）。事实上这时候，哈德森等人已经在去重生岛营救斯坦纳的路上了，不过由于哈德森等人是正面杀入，并且遭到驻守的苏军引爆毒气武器攻击，而梅森是从后方潜入，所以最后梅森和雷泽诺夫稍快几分钟，在哈德森之前成功杀死斯坦纳。之后梅森被哈德森等人打晕并带回总部。 接下来就是游戏开始时候出现的审讯室场景了，时间大概是1968年2月25日，审讯者实际上就是哈德森和威夫尔。在审讯中经常能听到有人在读奇怪的数字，这实际上就是德拉格维奇广播的数字，但危机已经迫在眉睫，由于斯坦纳已死，没有人知道德拉格维奇广播站的具体位置，而梅森由于之前被植入过密码翻译程序，所以只有他有可能破译密码，从而找到广播站地点。于是，为了帮助梅森记起密码破译程序，哈德森帮助梅森回忆了这些年来的经历（就是之前的游戏内容），但是最后梅森还是没想起来。哈德森出于对梅森的信任而独自留下来陪着梅森，并最终使梅森明白了从第一次在越南与雷泽诺夫重逢开始，梅森只是在与想象出的雷泽诺夫”一同”战斗（游戏台词：“雷泽诺夫已经死了5年了！他在那次逃亡中就已经死在Vorkuta了！这些年和你并肩作战的雷泽诺夫——只是存在于你的脑海中！”）。梅森在经历了想象与现实的痛苦抉择之后，终于想到了一个词：RUSALRA——这就是1961年梅森在古巴被捕后曾看到的那艘船的名字，而那艘船具体位置就在古巴某处！ 1968年2月26日，CIA很快就找到了RUSALRA的具体位置，并对其发动了攻击，德拉格维奇布置了重重防御，但还是被美军突入。梅森等人突入轮船内部后发现了广播站，但并没有发现德拉格维奇的踪影。哈德森确认无误后召唤海军在15分钟之内前来摧毁发射源，但是梅森坚持要继续搜寻并亲手杀死德拉格维奇（被雷泽诺夫洗脑的后果，同时也是为了防止德拉格维奇逃走后再次引起灾难）。之后哈德森叫威夫尔先上去，然后和梅森潜入水中，发现了一座德拉格维奇修建的水下基地，最后两人真的找到并杀死了德拉格维奇，然后安全返回海面。游戏结束。 不过游戏结束后又出来一段过场，那个开头就出现播放数字的女人仍在那里念那些数字，而最后在肯尼迪遇刺的照片上，背景人群里竟然出现了梅森的身影。其实最诡异的还是在最终溺死德拉格维奇时，梅森质问德拉格维奇在他脑中试图植入命令（洗脑）的事情。最后德拉格维奇死前在被摁在水里时用反问句非常轻蔑不屑地说“Tried？”。加上最后一段过场中的女人仍然在广播着数字和梅森出现在肯尼迪遇刺的照片里，事实上肯尼迪遇刺案发生于1963年11月22日星期五下午12:30，正是梅森回到美国本土之后。因为剧情有一个五年的空缺，五年间发生了什么没人知道，由此可知于五年前刺杀肯尼迪的可能正是梅森，而梅森此时大脑相当混乱，可能没意识到他已经杀掉了肯尼迪。而且因为肯尼迪在五年前已经死掉了，所以才有德拉格维奇的“Tried？”一问，事实上，德拉格维奇可能已经成功的实现了他当初为梅森洗脑的目的。 （百科）