南京的三本院校有：

1. 南京大学金陵学院

2. 东南大学成贤学院

3. 南京理工大学紫金学院

4. 南京航空航天大学金城学院等。

解释：

南京大学金陵学院是南京大学的三本独立学院，依托南京大学的优质教育资源，致力于培养高素质应用型人才。该学院注重实践教学，与多家企业合作，为学生提供良好的实习和就业机会。

东南大学成贤学院，作为东南大学的独立学院，也吸引了大量学子。该学院工科专业优势明显，与东南大学的工科背景紧密相连，为学生提供了丰富的学术资源和实践机会。

南京理工大学紫金学院，作为南京理工大学旗下的独立学院，同样拥有较高的教学质量和学术水平。该学院注重培养学生的综合素质，课程设置与市场需求紧密结合，为学生未来的就业打下了坚实的基础。

除了上述院校外，南京还有多所其他三本院校，如南京航空航天大学金城学院等，这些院校各有特色，为南京乃至全国的学生提供了多样化的教育选择。