南京铁道职业技术学院（南京铁道学院）的历史源远流长。1941年，南京特别市立第一职业中学应运而生。在经历了几次更名后，1945年它被正式定名为南京市立第一职业学校。1947年，其中的商科学校部分改名为南京市立商业职业学校。同年，这所学校整体撤销，而农科学校部分则改建成了南京农业学校，目前该学校发展为南京森林警察学院。

在1950年，南京市立商业职业学校更名为南京市财经学校。1953年，南京市财经学校再次更名为南京工业会计统计学校。同年，轻工部上海轻工业学校（商科）并入南京工业会计统计学校，为学校的壮大提供了新的动力。1955年，南京工业会计统计学校进一步更名为南京铁路运输学校。

1958年，南京铁路运输学校升格为南京铁道学院，标志着学校正式成为一所专科学院。1959年，南京铁道学院经历了改建，变回了南京铁路运输学校。然而，在2004年，南京铁路运输学校再次升格，正式更名为南京铁道职业技术学院。

在2007年，南京铁道职业技术学院迎来了新的发展机遇。苏州机电高等职业技术学校以及江苏联合职业技术学院（苏州机电分院）的并入，为学校的发展注入了新的活力，促进了教育资源的优化整合。