北洋军阀时期，一个妓女将儿子小豆子的第六指砍去，送到戏班学戏。小豆子在戏班遭到其他孩子的排斥，只有大师哥小石头帮助他，关心他。小豆子经过手指被砍、师父毒打、老公公侵犯后，心灵受到很大伤害。在这种时常受虐环境下长大的小豆子，渐渐向女性化发展，性取向也发生了变化，对关心爱护他的师哥小石头产生了爱慕之情。长大的小豆子程蝶衣和小石头段小楼因共同表演京戏《霸王别姬》成了名角儿。一九三七年，七七事变前期，段小楼在妓院结识妓女菊仙，并与菊仙定下终生。伤心的蝶衣决心与段小楼决裂，不再同台唱戏。段小楼与日本人发生冲突，被日军抓走，程蝶衣为救段小楼，为日本人唱了戏。 段小楼与菊仙成亲当晚，伤心绝望的蝶衣与有钱有势又懂戏的袁四爷唱了整晚戏，此后还染上了大烟。师父去世，程蝶衣收留戏班小四做徒弟。 一九四五年，日本投降。程蝶衣因曾给日本人唱戏而以汉奸罪被捕。段小楼在阻止国民党抓走程蝶衣时被打，菊仙也因此流产。菊仙以段小楼与程蝶衣断绝来往为条件劝动袁四爷愿意去救程蝶衣。法庭上，知道师哥要与自己断绝来往的蝶衣绝望地招认罪行，但仍成功获救。此后，小楼与蝶衣断绝来往。 一九四九年，解放军进入北京，为庆祝解放战争胜利，阔别已久的蝶衣和小楼被邀演绎经典《霸王别姬》，二人在戏台上重修愈好。段小楼夫妻竭力帮助蝶衣戒了大烟。袁四爷因为腐败被枪毙，被被蝶衣收留的小四不满师父的思想，处处与蝶衣做对，乃至最终背叛揭发蝶衣。 文革时，段小楼因涉嫌曾经反共而被抓，程蝶衣和戏班其他人也因“反四旧”而被抓。 段小楼为不与袁四爷落得同等下场，揭发了程蝶衣，伤心愤怒的蝶衣揭发了菊仙的妓女身份，段小楼将二人的反动行为一一招出。绝望的菊仙上吊自杀。小四也恶人恶报被抓。一九七七年，文革结束。二十一年未同台的蝶衣小楼二人走上戏台，程蝶衣在舞台上自刎身亡。
电影中，程蝶衣是一个在台上风光无限，风华绝代，演技超群的戏子。但其实也是个被残酷的社会环境扭曲的悲剧人物。他曾因一句“我本是女娇娥，又不是男儿郎”唱错而被师傅毒打，而当他真正唱对这句词时，他已人戏不分，一生的命运也因此发生改变。就是由于生活在那样恶劣的社会环境下，程蝶衣才会混淆自己的性别，走向悲剧的结局。程蝶衣是个专一的人，袁四爷虽对他穷追不舍，但他只爱段小楼一人。他曾对段小楼说过“说好了一辈子，少一年，一个月，一天，一个时辰也不算是一辈子”，当段小楼负了他娶了别人时，他却做到了从一而终。 他是个固执的人，他认准的事就不许改变，解放后京戏的行头简单不复杂，他却宁愿被抓也要维护传统京戏的行头。他是个单纯的人，他轻信于别人，菊仙为救小楼只说出敷衍的话，他也深信不疑，为日本人唱戏，不考虑战争和国籍，他只想唱给懂戏的人听。程蝶衣是整部电影的灵魂人物，在他身上，我们既能看到理想的美好又能看到现实的残酷。
段小楼也是舞台上的名角儿，与程蝶衣不同的是，他把戏和现实分的很清楚，走下了舞台，他可以肆意所为，甚至娶个妓女做老婆。段小楼是个热心的人，在小豆子被众人排斥时，只有他愿意关心保护小豆子。在妓院看见菊仙被欺负，他不顾后果，果断上前相救，甚至娶了菊仙，说明他是个正直的人。 他的憨厚体现在对人的态度上，无论是菊仙还是蝶衣，无论对方生气还是开心，他都始终笑脸相迎，从不轻易动怒。另一方面，他不管对方是日本人还是国民党，不管对方势力是大是小，他什么都不管，冲上去就乱打一通，不顾后果。所以他身上也有着北方汉子与生俱来的鲁莽，冲动。至于后来他揭发蝶衣、揭发菊仙，保全自己，也要归于残酷的社会现实使人性发生了变化。
菊仙是旧社会妇女中的典型代表。她虽生在旧社会，又是遭人唾弃的妓女，但她胆大，敢爱敢恨。她敢于为自己说亲，敢于在旧社会抛头露面，敢于掌管自己的命运。她聪明，世故。做事圆滑，不卑不亢。她用自己的方法使段小楼履行承诺，娶了她，在别人都无计可施时，她又让袁四爷愿意营救程蝶衣。她认定段小楼只要有程蝶衣在就不会过好日子，她又以两人断绝来往为条件才营救程蝶衣。她可以周旋在任何类型的人群之中，无论是妓院，戏院还是权势之中。所以她是个有心计，有手段的女人。而在帮助蝶衣戒烟时，她心疼地抱着生不如死的蝶衣时又让我们看到了她有爱心的一面。菊仙最大的愿望就是和段小楼好好过日子，并为此一直做着努力。然而，这么个小小的愿望也没有让她实现。她是个能融入社会的人，可社会却并不让她融入。
影片开始，以倒叙为结构。一九九七年，文革结束，然后用光线渐暗的方式把观众拉回旧社会。 在剧情发展过程中，是以时间为顺序。从北洋军阀时期，七七事变前期，日本投降，中国解放，到文革前后，依次描述在此期间发展的情节。这部电影以人物为中心，依据人物性格，人物活动发生情节，从而拉动剧情发展。
矛盾冲突贯穿影片始终。 首先是小楼，蝶衣和师父之间的矛盾。小楼与师父本来没有矛盾，可师父因为蝶衣经常唱错词而虐待蝶衣，这时小楼为了帮助蝶衣而阻止师父，便与师父发生了矛盾。这也为蝶衣对小楼产生感情做出了铺垫。其次是蝶衣与菊仙之间的矛盾。蝶衣一直深爱小楼，而最终小楼却娶了菊仙，菊仙和蝶衣共同爱小楼，这便使蝶衣和菊仙之间出现了矛盾，引出了二人的情敌关系。 再次就是蝶衣与小楼的矛盾，二人从小一起长大，蝶衣以为小楼明白他心中所想，其实小楼并不懂。蝶衣一直希望小楼和自己从一而终，小楼却娶了菊仙为妻，这便使蝶衣小楼二人关系僵化，互不理解。影片还有的一个矛盾就是这些人物与社会现实之间的矛盾。一些暴力因素使蝶衣性格发生变化，使小楼人性发生变化，也使菊仙自杀。主角们一直与残酷的社会现实作斗争，最终还是屈服的活下来，不屈服的死去。也向我们证明了，现实与理想确实不能同在。
《霸王别姬》围绕程蝶衣、段小楼、菊仙在旧社会发生的悲剧故事而展开。 表达的主题之一是文化思考。京剧是我国的国粹，程蝶衣的男旦角色引人思考。一方面，这满足了大众的审美观点，另一方面，男旦的角色又容易使人歧视、不理解。主题之二是关于同性恋话题的讨论。我国是较保守的国家，对于同性恋话题一直很敏感。而当今社会同性恋现象又不少见，这部电影可以倡导人们对待同性恋应给予尊重、理解和宽容。主题之三是理想与现实的讨论。电影通过对程蝶衣这个角色的塑造，成功表达了理想与现实不能混为一谈，理想再美好也无法击退现实的主题。 主题之四是人在社会发展中的易化过程和人性进化中出现的问题。电影的结局，段小楼的人性发生了变化，却在社会不断发展中活了下来，也就是说是社会使段小楼的人性发生了变化，而程蝶衣却由于无法适应这样的社会而死亡。
张国荣饰演的程蝶衣是个人戏不分的戏子。张国荣先生本人也说这像极了他自己。张国荣把程蝶衣这个角色诠释得出神入化。在演绎时，他是把自己代入了角色中，使他和角色本身水乳 交融，仿佛他就是程蝶衣本人。我们可以从“程蝶衣”的肢体动作，眼神，和使我们感受到的极致的娇媚中体会到张国荣演技之出色。用电影中的话说就是，一笑万木春，一啼万古愁。影片的成功，张国荣的演绎绝对占了很大部分因素。
张丰毅把段小楼这个北京汉子的粗鲁豪迈也演的非常出色。举手投足间都带出了角色应有的感觉，突出了男人的特色。张丰毅在戏中塑造了霸王项羽，也塑造了段小楼，角色本身虽没有太出彩的戏，但我们也看到了一个男人的霸气外露。符合角色本身。
巩俐把一个旧社会的勇敢女人的形象演的活灵活现。眼神刻画得很传神，每一个表情都很到位。巩俐本人的外形也很符合菊仙这个形象，巩俐看起来就是那种倔强要强美丽的女人，很东方的感觉，她演这样一个有情重情痴情的菊仙，也算是最合适的人选。
《霸王别姬》叙事紧凑，环环相扣，节奏合理不拖拉。本片用社会的发展促使人性的改变，用人性的改变造成命运的不同。故事情节合理，遵循因果。以时间为序的叙事顺序层次清晰不冗长。描述手法自然不造作。在时代的刻画方面既符合当时社会背景又能体现历史的沧桑感。
电影中光运用很出色。电影开头就是用光线渐暗的方式把观众拉回旧时代。在小楼结婚时喜庆的色彩与伤心绝望的蝶衣处于黑暗的色彩形成鲜明对比，反映人物内心感受，精神状态与气氛。电影音效与配乐方面也是极佳的。电影中多次出现的叫卖声反映了人物紧张，局促不安的心理状态。电影的配乐（京剧声为主）营造了大气挥宏的气氛和中国典型文化的格调。电影中演员的造型方面也非常考究。符合时代特征的服饰，道具等，更值得一提的是电影中程蝶衣和段小楼的京戏造型。段小楼有一套京剧行头，程蝶衣有四套。这五套行头无论是发冠，服装，配饰还是妆容，都十分精致，突出中国京剧的特征，使人看起来赏心悦目。
总之，《霸王别姬》是一部极具视听之娱又能引人深思的好电影。