康熙十四年，年仅一岁的二皇子胤礽被立为太子。当时已有的两个皇子中，皇长子是庶出，生母身份卑微，而胤礽系孝诚仁皇后所生，符合立嫡长子的传统，名正而言顺，地位还是很稳固的。立为太子后，康熙对他悉心教育，最初似乎也颇得宠爱。但胤礽其人，才智平庸而性情贪婪，以至广收贿赂，专权结党，使康熙渐渐对他感到失望。1690年，在征讨噶尔丹途中，康熙身体不适，急召留在京城的太子胤礽来行营。胤礽赶到时，康熙躺在床上，胤礽脸上却未流露出焦急与担心，康熙十分不满。1698年，康熙大封诸皇子，让他们参与政务，后又逮捕了太子的亲信索额图，废黜之意已初露端倪。胤礽也感到很惶恐，经常偷偷察看虚实，在随康熙去围场途中竟然半夜三更掀开康熙帐幔向内窥伺，使康熙极为恐慌，疑心太子要害他。至康熙四十七年(1708年)，终于把太子废黜了。三十多年的太子一旦被废，本来不可能觊觎皇位的诸皇子一下子有了一朝君临天下的机会，这使本来就明争暗斗的诸皇子间矛盾骤然激化。为了扼制诸皇子的争斗，无奈之下，康熙于第二年夏天复立胤礽为太子。康熙五十一年(1712年)十月，太子第二次被废。

　两次废立太子使暮年的康熙非常伤心，此后太子之位一直空缺，凡奏请选立太子的大臣都受到严辞训斥。但是，太子可以不立，未来由谁继承帝位却是个不能不考虑的问题。在康熙晚年，先后有几名皇子成为康熙考察的对象，其中最引起人们兴趣的是十四皇子胤禵。胤禵与雍正是一母所生，但他与雍正的关系并不好，反而与雍正的政敌八阿哥相亲厚。康熙四十七年八阿哥因夺嫡而被锁拿时，胤禵舍命相保，把康熙气得火冒三丈，甚至要抽出佩刀当场杀死他。胤禵勇猛善战，年仅二十三岁即随康熙出巡塞外；康熙五十七年，年仅三十的胤禵被任命为抚远大将军，手握兵权，可见康熙对他的器重。在他任抚远大将军期间，康熙给他的朱谕、朱批中有很多寄予厚望的话，比如：“人心最为重要，你要时刻把这件事放在心上”，类似这样的话让人觉得意味深长，似乎是在传授他为君之道。但直到康熙风烛残年时，胤禵依然在外带兵，没有被召回，又令人费解。有论者据此以为胤禵性格粗鲁，康熙实不想把帝位传给他，但因他军功赫赫，恐怕对继位的新君构成威胁，故将他遣往边陲，远离京城这个权力的中心。还有一种说法来自雍正手编的《大义觉迷录》，说是康熙从未看重过胤禵，实在是因为厌恶他才将他遣往边陲的，而他的大将军也只是虚衔，实际统辖的兵力只有几千人。

　康熙在世的最后几年对雍正的倚重却是很明显的，康熙六十年和六十一年，令雍正代行冬至祭天之礼，这是极重要的委任，这件事后来被论者认为是将传位于雍正的暗示。康熙六十一年(1722年)十一月十三日，时年69岁的康熙皇帝在京西畅舂园崩殂，临终将帝位传给皇四子胤稹，就是后来的雍正皇帝。