桂阳县畜牧水产局的内设机构包括办公室、人事股、基层管理站、畜牧股、水产股（渔政站）以及防疫站和饲料兽药监督管理站，各自承担着特定的职能和职责。

办公室主要负责协助局领导处理日常事务，包括文秘、信息管理、文件起草、考勤统计等，还负责综治、档案、财务会计、资产管理、会议组织、接待与后勤保障等管理工作。同时，他们对重大事项督办和内部规章制度的拟定也是其重要任务。

人事股负责干部职工的思想政治工作，涵盖老龄、计划生育、户籍管理等，涉及机构编制、人事、劳资、教育培训、专业技术职务评聘、社会保障等工作，并执行局领导交办的其他任务。

基层管理站则对乡镇动物防疫站和畜牧水产站进行资产管理、财务管理，并进行考勤管理和维稳工作。此外，他们还负责乡镇动物防疫人员的调配以及协助局领导处理相关职工事务，确保稳定。

畜牧股致力于全县畜牧生产的规划和技术推广，负责良种畜禽管理，推进标准化养殖小区建设，并负责能繁母猪补贴和保险工作。同时，他们还与养殖业发展协会合作，提供技术培训等服务。

水产股（渔政站）负责渔业生产规划和技术措施，监管水产业，发放相关许可证，并确保渔业法律法规的执行。他们还负责渔业资源保护和水域环境维护。

防疫站负责动物疫病预防、监测和控制，实施重大动物疫情扑灭，推广防疫技术，以及动物检疫和检验工作，确保动物和动物产品的安全。

饲料兽药监督管理站依据法规进行饲料和兽药的管理工作，进行监督抽查，确保饲料和兽药的质量，并组织瘦肉精检测和打假活动。

畜禽产品检疫检验站执行严格的检疫检验标准，确保屠宰、产地和交通检疫的合规性，确保定点屠宰的检疫率100%。