两所学校的关系是地理位置关系、属性关系、招生班级关系。

1、地理位置关系：清华附中和清华大学附属实验学校在一个校园内。

2、属性关系：清华附中是教育部直属的大学附属中学，北京市重点中学，属于公立中学，包括初中和高中，属于国家9年义务教育范畴的学校，学生不收费。清华大学附属实验学校是清华大学所属的民办初中，不属于国家9年义务教育范畴的学校，学生收费。

3、招生班级关系：清华附中的初中每个年级有1-12个班，其中1-8班是清华附属实验学校的初中班，9-12班是清华附中的初中班。