在2004年前，中国的保健食品批准文号主要分为两种：卫食健字和国食健字。前者由国家卫生部颁发，后者则由国家食品药品监督管理局批准。随着国家食品药品监督管理局的成立，保健食品的管理也发生了变化。自此之后，所有保健食品的批准文号都统一规范为国食健字。

从批准机构来看，卫食健字代表的是国家卫生部在2004年及以前的批准，而国食健字则是由国家食品药品监督管理局颁发的。卫生部对审查合格的保健食品发放《保健食品批准证书》，而保健食品的质量标准则由国家质量监督检验检疫总局制定。相比之下，国家食品药品监督管理局不仅负责批准文号的颁发，还负责对保健食品生产企业进行重新登记审核。

在批准文号的具体格式上，卫食健字分为两种：对于国产保健品，其批号格式为“卫食健字（年号）第××××号”；而对于进口保健品，其批号格式为“卫食健进字（年号）第××××号”。而国食健字也有两种格式：对于国产保健品，其批号格式为“国食健字G+4位年代号+4位顺序号”；对于进口保健品，则为“国食健字J+4位年代号+4位顺序号”。这种格式的区分使得消费者可以更容易地识别不同来源的保健食品。

总体而言，这两种批准文号之间的主要区别在于批准机构的不同、文号格式的不同以及有效性上的差异。随着国家食品药品监督管理局的成立，所有保健食品的批准文号统一规范为国食健字，这标志着保健食品管理进入了一个新的阶段。