常熟理工学院与常州工学院，两者在高等教育体系中位于同一水平，但各有特色。在做出选择时，考生应基于自己所选专业的倾向来决定。

常熟理工学院在生物工程、材料学、材料科学与工程等领域表现突出，这为对这些学科有热情的学生提供了优质的教育资源。而常州工学院则在机械工程、软件工程、电气工程、土木工程等领域展现出较强的竞争力，其优势专业与当前热门行业紧密相关，满足了市场需求。

从专业角度来看，常州工学院的机械、软件、电气、土木工程专业，均是当前社会需求量大、就业前景良好的领域。这使得常州工学院在专业设置上，更能贴近市场与社会需求，为学生提供更为直接的职业发展路径。

综上所述，常熟理工学院与常州工学院各有其特色与优势。考生在选择时，应结合个人兴趣与职业规划，以及各校的专业特色与优势，做出最适合自己的选择。无论是常熟理工学院的生物工程、材料科学与工程，还是常州工学院的机械、软件、电气、土木工程，都是优质的高等教育资源，能够为学生提供扎实的专业知识与实践技能，助力其未来职业发展。