各级财政部门应按照《基本建设财务管理规定》(财建〔2002〕394号)、《金财工程建设经费使用管理办法》(金财办〔2003〕26号)以及国家基本建设资金管理的有关规定，对金财工程建设资金进行管理，严禁任何单位、组织和个人挤占、挪用和截留建设资金。

金财工程建设经费由中央和地方财政共同承担。中央财政负责筹集本级建设项目经费，并对中央在地方建设系统投资给予补助。地方财政部门负责筹集本级建设项目经费，同时监督地市级财政部门建设资金的落实。

金财工程已建成项目的运行维护、技术服务、系统升级及网络专线租用等确需保障的经费支出，各级财政部门应纳入年度预算予以安排解决。金财工程骨干网的建设及运行费用，原则上按“下管一级”方式执行，即财政部至各省级财政部门的骨干网建设及维护费用由财政部负责安排；省本级至地市级的骨干网建设及维护费用由省级财政部门负责安排。

各级财政部门应严格按照批准的项目投资规模申请经费预算，并根据批准的经费预算安排和使用金财工程建设资金。项目预备费应按照规定程序报批后使用。

各级财政部门应建立健全金财工程财务管理制度，对金财工程建设经费实行专款专用、单独核算，做好会计核算工作，并及时向上级财务部门报送相关财务报表。严格控制经费支出，精打细算，防止铺张浪费，努力提高资金使用效益。