惠后芈姝的结局在历史记载中存在着不同的版本。据《史记·穰侯列传》，她似乎在秦武王去世之前就已经离世，享有一段相对平静的晚年。然而，《史记·秦本纪》的记载则揭示了一个更为动荡的结局：公元前305年，庶长壮和一些大臣发动叛乱，尽管叛乱被平定，但惠文后未能幸免于难，她的结局并不善终。《史记索隐》提供了另一种视角，称秦武王死后，惠文后曾试图扶持公子壮登基，但最终公子壮被杀，惠文后因此深陷忧郁之中，她的生命也在悲伤中结束。

另一种说法中，惠文后与公子雍、公子壮的命运交织在一起，他们在秦武王去世后的内乱中均遭到了不幸。《史记索隐》指出，在魏冉的支持下，秦昭襄王得以继位，随后诛杀了公子壮和惠文后，这无疑为她的结局添加了悲剧色彩。

综上所述，惠后芈姝的结局在历史记载中充满了变数，既有平静的善终之说，也有因政治斗争而悲惨收场的记载，反映出她生前在秦国政局中的复杂地位。