内蒙古生产建设兵团采用独特的组织形式，其基本建制为兵团-师-团-连队，不常规设置营级单位。兵团的领导机关设在首府呼和浩特，原党校大院是兵团的办公地址。1969年初，由北京军区任命的主要领导人包括司令员何凤山、第一政委暂缺、第二政委倪子文等，以及副司令员和副政委等多名高级官员。兵团机关包括司令部、政治部和后勤部，每个部门设有专门的职能机构，如参谋长董儒强、政治部主任李惠民等负责相关工作。

同年5月，兵团党委成立，由何凤山等19人组成，常委包括何凤山等人，何凤山担任党委书记，倪子文任副书记。10月，中央军委又任命刘义荣为副司令员，赵强为副政委。各师也设有直属机构，如一师、二师、三师和六师，每个师下辖多个团和连队，配备有政治部、司令部和后勤部，设有组织、宣传、保卫等职能科室以及武装连等单位。

1969年10月19日，兵团响应林彪的战备命令，进入临战状态。全年安置了50843名知识青年，其中出身好的知识青年占85%，女知识青年占比为53%，来自全国各地。具体来自北京、保定、天津、上海、呼和浩特、浙江、包头等地。